Em 1624, Fernão Dias e sua mulher Catarina Camacho, grandes proprietários da região, doaram à igreja uma quadra de terras para construção da Capela de Nossa Senhora do Rosário, iniciada em 1628, pelo Padre Belchior de Pontes que transferiu, para suas proximidades, a aldeia de M’Boy.
M’boy que tupi significa cobra, originou a corruptela Embú, assim denominado a aldeia que, segundo versão popular, surgiu quantidade de cobras existentes.
A construção do convento, anexo à capela foi iniciada em 1740 pelo Padre Domingos Machado. Na época, foram reunidos no aldeamento vários padres artistas que elaboraram os trabalhos de decoração da mesma. As verbas necessárias às douraduras dos entalhes das paredes de madeiras e grande número de imagens, foram possibilitadas pela venda do algodão que cultivavam em grande escala.
A dificuldade de comunicação não permitiu o rápido desenvolvimento do povoado. Somente no final do século XIX, a Cúria Diocesana de São Paulo contratou o engenheiro Henrique Bocolini para demarcação do patrimônio; o qual, reconhecendo os valores artísticos da capela e do convento, realizou as primeiras obras de apoio à conservação das construções.
Suas terras, no entanto, eram impróprias para a cafeicultura, principal atividade econômica da época. Assim, Embú entrou noutro período de retração que durou até meados do século XX, quando a capela e convento foram tombados pelo Estado que procedeu às devidas restaurações. A partir disso, a comunidade local, liderada por Annis Neme Bassith, começou a desenvolver as atividades artísticas, explorando o turismo como fonte de renda do Município, criado em 1959.
Distrito criado com a denominação de M’Boy, por Lei no 93, de 21 de abril de 1880, no Município de Itapecerica.
Antigo Distrito de M’Boy, do Município de Itapecerica, e que pelo Decreto Estadual no 9775, de 30 de novembro de 1938, passou a denominar-se Embú.
Em 1939-1943, o Distrito de Embú figura no Município de Itapecerica.
Em virtude do Decreto-lei Estadual no 14334, de 30 de novembro de 1944, que fixou o quadro territorial para vigorar em 1945-1948, o Distrito de Embú permanece no Município de Itapecerica, o qual passou a ter nova denominação de Itapecerica da Serra. Aparece na mesma situação porém grafado Embú no quadro fixado pela Lei no 2456, de 30-XII1953 para vigorar em 1954-1958.
Elevado à categoria de Município com a denominação de Embú, por Lei Estadual no 5285, de 18 de fevereiro de 1959, desmembrado do Município de Itapecerica da Serra e parte dos Distritos das Sedes dos Municípios de Itapecerica da Serra e Cotia, com Sede no antigo Distrito de Embú. Constituído do Distrito Sede. Sua instalação verificou-se no dia 01 de janeiro de 1960.
Em divisão territorial datada de 01-VII-1960, o Município é constituído do Distrito Sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 15-VII-1997.
Fonte: IBGE