O Tribunal de Contas do Estado de São Paulo, conforme acórdão de 6/1/2015, aprovou a prestação de contas da Prefeitura de Embu das Artes, relativa a 2012, de repasses públicos ao terceiro setor (Organizações não Governamentais/OnG, fundações e institutos empresariais, associações comunitárias, entidades assistenciais, entre outras, que atuam nos diversos setores públicos). O valor total é de R$ 5.490.878, 86.
O terceiro setor atua ao lado das secretarias municipais de Assistência Social, Trabalho e Qualificação Profissional, Cultura e Educação. Entre as entidades estão Ação Social Claretiana (creche Ana Maria), Associação Zumaluma, Associação dos Moradores da Região Jardim Independência (Asmoreji), Comunidade Kolping de Embu e Associação Fraternidade Assistencial Rio Pequeno, entre outras entidades.
A parceria do Governo de Embu das Artes com as entidades prestadoras de serviços permite ampliar vagas na educação infantil, fomentar a cultura local, atender crianças e adolescentes nos serviços de convivência da proteção básica, com fortalecimento de vínculo, e na Proteção Especial de Alta Complexidade, Acolhimento Institucional Abrigo. Busca-se flexibilidade de gestão e eficiência de serviços com o dinheiro aplicado, segundo Maria Emília dos Santos, titular da Controladoria Geral do Município.