Fundada pelos jesuítas provavelmente em 18 de julho de 1554, a aldeia de Bohi, hoje Estância Turística de Embu, só começou a ser uma cidade independente a partir de 18 de fevereiro de 1959, data em que foi criado o município de Embu, desmembrado de Itapecerica da Serra e Cotia.
Conforme Moacyr de Faria Jordão, historiador da Emancipação, desde seus momentos iniciais, até a primeira década do novo Município de Embu, essa independência só foi possível a partir da criação da Associação Cívica de Embu, composta por personalidades de diversas áreas, que iniciaram uma forte campanha pela emancipação com apoio e orientação de Cândido Motta Filho, advogado, professor, jornalista, ensaísta e político, e membro da Academia Brasileira de Letras, em 1960.
Em 17 de março de 1958, na casa do Dr. Carlos Koch, na Rua Projetada (hoje Rua da Emancipação, 125), reuniram-se os emancipadores. Em 21 de novembro de 1958 foi realizado um plebiscito para saber a opinião dos moradores sobre o assunto. Annis Neme Bassith, Raphael Games Cadenete, Santiago Games Robles e Dr. Carlos Koch tudo fizeram para que o plebiscito fosse um sucesso. A emancipação foi apoiada pela maioria dos embuenses. E em 18 de fevereiro de 1959, foi criado o município de Embu, desmembrado de Itapecerica e Cotia. Em 1964, o bairro de Itatuba, até então pertencente ao município de Cotia, foi anexado a Embu.
No dia 4 de outubro de 1959 foram realizadas as primeiras eleições para prefeito, vice-prefeito e vereadores da história de Embu. Na ocasião, foram eleitos e empossados no dia 1o de Janeiro de 1960 Annis Neme Bassith (PTN), prefeito, e
Dr. Carlos Koch, vice-prefeito.
História de jesuítas
Em 1624, Fernão Dias e Catarina Camacho doaram suas terras aos jesuítas da Companhia de Jesus, com a condição de estabelecerem a devoção à Nossa Senhora do Rosário e festa em homenagem à Santa Cruz. Os jesuítas tinham a intenção de fazer com que os índios deixassem seus costumes e aceitassem a religião católica e resolveram avançar pelos sertões para chegarem até onde hoje está o Paraguai, e assim trazerem os índios guaranis, que haviam demonstrado docilidade. E acabaram chegando às terras de Embu.
Na segunda metade do século XVII, o jesuíta Belchior de Pontes comandou a construção da igreja e do convento onde, atualmente, funciona o complexo do Museu de Arte Sacra, localizado no centro histórico da cidade.
O nome M´Boy é uma variação de Aldeia de Bohi (como era chamada inicialmente), e em tupi-guarani significa "cobra grande". Outros afirmam que pode significar "coisa montanhosa, penhascos, agrupamento de montes", em função dos acidentes geográficos da área. Na década de 40, um decreto-lei muda o seu nome de M´Boy para Embu, hoje escrita sem acento no "u", seguindo as regras de acentuação da língua portuguesa. Neste período, Dom Duarte de Leopoldo e Silva, Arcebispo de São Paulo, determinou a primeira recuperação da Igreja de Nossa Senhora do Rosário. Nos anos de 1939 a 1940, o conjunto jesuítico, que compreende a Igreja e a residência dos jesuítas, foi considerado Patrimônio Nacional e restaurado pelo SPHAN que hoje é denominado Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN).
Os 27 anos de administração do Marquês de Pombal no Brasil (1750-1777) aniquilaram a memória e o patrimônio dos jesuítas no Brasil. Ao expulsar a Companhia de Jesus, em 1759, de Portugal e suas colônias, Pombal ordenou que os documentos e quaisquer registros fossem destruídos. Assim começa a desconstrução da história de Embu, riquíssima, intrigante, extensa e apaixonante. A partir de então M´Boy se resumiu à atividade agrícola, um pequeno comércio e fabricantes de aguardente.
Os primeiros artistas
As mãos dos padres jesuítas e dos índios guaranis marcaram para sempre a vocação da cidade, seja na arquitetura da Igreja, na escultura dos santos de madeira, nas pinturas ou no entalhamento. Eles foram os primeiros artistas da cidade. Conta-se que os jesuítas recebiam encomendas de santos e é provável que essa tradição tenha se mantido entre os poucos habitantes da vila durante o século XIV e o início do século XX.
A tradição que o padre Belchior de Pontes deixou, com a criação da Virgem do Rosário, obra feita por ele, em estilo barroco em 1719, estimulou seus sucessores, os índios, que trabalharam nas imagens de Santo Inácio, Santa Catarina e São Francisco Xavier, além dos ornamentos e entalhes internos da Igreja.
Em 1920, Embu recebeu um de seus maiores expoentes, o pintor Cássio M´Boy. Nos anos seguintes, outros artistas chegaram à cidade, como Assis de Embu, mestres Sakai e Gama, Solano Trindade e Ana Moysés, entre vários outros. Eles ajudaram a fundar, em 1969, a feira de artes e artesanato, conhecida nacional e internacionalmente.
Em 1759, quando o Marquês de Pombal expulsa os jesuítas de todas as colônias portuguesas, chega em Embu o padre Macaré, que esculpe, com a ajuda dos guaranis (carijós), as imagens de Nossa Senhora dos Passos, Nossa Senhora das Dores e Os Doze Apóstolos.
Em 1930 instalaram-se no Distrito de M´Boy os primeiros integrantes de uma numerosa colônia japonesa. Através do Instituto Prático Agrícola, eles davam suporte para os agricultores do bairro da Ressaca e foram, mais tarde, responsáveis pela tradição do cultivo de plantas e flores em Embu.
Em 1938, Mário de Andrade, aproveitando-se da nomeação pelo Ministério da Educação, para Delegado do Estado de São Paulo, tratou de adiantar o processo de tombamento da obra jesuítica em Embu, um dos primeiros do território paulista.
Foram prefeitos de Embu, a partir de sua emancipação:
• Annis Nemes Bassith, por dois mandatos, 1960-1963, voltando em 1969-1972;
• Joaquim Mathias de Moraes, por três mandatos, 1964—1968, 1977-1982 e 1989-1992;
• Oscar Yazbek, por duas vezes, 1973-1976 e 1997-2000;
• Nivaldo Orlandi, prefeito de 1983-1988;
• Geraldo Puccini, de 1993-1996;
• Geraldo Leite da Cruz, por dois mandatos, 2000-2004, e 2005-2008.
